BIO-INFORMATIKA pada
DUNIA PERIKANAN BUDIDAYA
(Jurnal
Resume)
Pengertian
Bio-Informatika
Bio-Informatik berasal dari 2 kata yaitu Biologi
dan Informatik.
Bio-Informatik adalah 2 bidang ilmu yang berbeda yang digabungkan menjadi satu
antara ilmu biologi dan ilmu komputer bertujuan untuk keuntungan atau benefid
yang baik.
Bio-Informatik dapat menghasilkan informasi
biologi dan genetik serta menampilkan secara akurat dan efesien.
BIO-INFORMATIKA
pada DUNIA PERIKANAN BUDIDAYA
Kemajuan teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom
telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh
para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini sangat memerlukan ilmu
ilmu computer untuk mengelolanya, sehingga dibutuhkan ilmu baru yang disebut
Bio-Informatika. Dengan software-software dan situs Bio-Informatika diharapkan
dapat membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme
budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakukan dan hasilnya lebih
valid. Penggunaan software Bio-informatika dalam penelitian diharapkan mampu
meningkatkan peroduktivitas budidaya perikanan.
Pendekatan biologi moelekuler pada
prinsipnya dapat ditempuh dengan tiga tingkatan molekuler yang berbeda .
1. Studi pada tingkat
DNA
yang disebut Anotasi Genom
2. Studi pada
tingkat RNA
disebut Transkriptomika
3. Studi pada
tingkat protein
disebut Proteomika
Ketiganya bertujuan
untuk meningkatkan kualitas dan jumlah produksi budidaya perikanan
Proses Statistik Bio-Informatika
ANOTASI GENOM
Anotasi genom dilakukan dengan menggunakan
program BLAST.
Program BLAST berperan pada bidang penelitian mengenai cloning hormone
pertumbuhan pada ikan gurame. Perkembangan ikan gurame yang relative lambat
merupakan masalah dalam budidaya ikan gurame. Dengan cloning hormon pertumbuhan
gurame diharapkan akan mampu menmpercepat pertumbuhan ikan gurame. Hormone
pertumbuhan pada ikan gurame diekstrak yang selanjutnya dilakukan cloning atau
penggandaan dengan bakteri e-coli. Setelah melalui beberapa tahap dilakukan
sekuensing terhadap DNA hasil cloning untuk melihat urutan DNA nya. Kemudian
gen hasil cloning tersebut diananalisa dan dicocokkan dengan DNA hormone
pertumbuhan ikan yang terdapat pada Gen-Bank dengan menggunakan program BLAST. Dapat
disimpulkan bahwa gen hasil sekuensing merupakan growth hormone yang
mengekspresikan pertumbuhan pada ikan gurame. Jika tidak adanya program BLAST,
mungkin akan sulit untuk menganalisa apakah gen hasil cloning benar-benar
merupakan hormone pertumbuhan pada ikan gurame.
TRANSKRIPTOMIKA
Penggunaan DNA chip (microarray) adalah cara terbaik untuk mempelajari fungsi genom pada
tingkat RNA. Microarray merupakan suatu lempengan yang membawa DNA dalam urutan
yang teratur. Microarray terbuat dari mikroaray elektronik berdasar dari
software dari Oryzon genomic dengan menggunakan sekuens DNA yang telah
diketahui ekspresinya yang berjumlah 5087-5208. Microarray dibuat dengan mesin bertujuan
untuk mentransfer ratusan hingga ribuan tetes DNA ke posisi tertentu pada
lempengan chip. DNA tersebut dinamakan probe. Probe dapat berupa cDNA yag
mewakili hampir semua gen dari organisme. Perlu dicatatan bahwa cDNa merupakan
DNA yang disintesis mrNA dengan bantuan enzim transcriptase balik, contoh pada
bidang perikanan adalah pembuatan e-microarray untuk mempelajari ekspresi gen
pada ikan s. senegalensis.
Mikroaray elektronik tersebut akan
memudahkan para peneliti dalam penelitian tentang ekspresi gen. Program ini
dapat pula menyelidiki perubahan dalam traksripsi gen selama diferensiasi
gonad, pertumbuhan dan maturasi, dan metamorphosis larva selama perkembangan. Software
ini akan menunjukkan gen-gen yang terlibat dan tereskpresikan pada setiap system
reproduksi s. senegalensis. Jadi bila terjadi kesalahan dalam penerjemahan atau
mutasi gen gen yang menyebabkan perubahan gen, akan segera diketahui gen yang
bertanggungjawab. Selain itu asam amino dalam gen tersebut bisa langsung
diketahui sehingga dapat membantu menunjukkan asam amino yang cocok untuk
komposisi pakan.
Gambar microarray elektronik.
PROTEOMIKA
Fungsi genom dapat dipelajari pada
tingkat protein atau tingkat translasi melalui analisis seluruh protein yang
dihasilkan oleh suatu organisme. Analisis protein skala besar seperti ini
dikenal dengan sebutan Proteomika. Analisis protein dalam bidang perikanan
dapat digunakan untuk pembuatan pakan ikan berdasarkan protein yang terkandung
dalam tubuh ikan tersebut. Hasil sequens yang didapat biasanya dicocokkan
dengan program BLASTn untuk mengetahui komponen asam amino penyandinya atau
pembentuknya.
http://www.biomedcentral.com/1471-2164/9/508
kereennnn......
BalasHapus